1991-ci ilin fevral ayında Xorvatiya katolik kilsəsinin Yuqoslaviya Federativ Respublikalarının İttifaqından (YFRİ) azadlıq tələb edərək Xorvatiyanın tərkibində yerləşən Serb Muxtar Respublikasına (Srpska Krayna) hücum etməsi oldu. Serb Pravoslav kilsəsinin və katolik kilsəsilə gedən çəkişmələr və müharibələr ilk məcburi köçkün dalğasını yaratdı. Təxminən 40 min serb öz evlərini tərk etməli oldu. İyul ayında Xorvatiyada tam səfərbərlik elan olundu və ilin sonunda ordunun sayı 120 minə çatdı. Qərbi Slavoniyada etnik "təmizlik" başladı və serblər 10 şəhərdən və 183 qəsəbədən tamamilə sürgün olundu. Serblər tərəfindən Srpska Kraynada xüsusi ordu hazırlanmağa başlandı. Və bu ordunun əksəriyyəti Serb Federativ Respublikasından olan serb könüllüləri idi. Yuqoslaviya xalq ordusu Çavoqlaveyə hücumu nəticəsində 9 minə yaxın xorvat əsgəri qətlə yetirilib. Amma 1991-ci ilin avqustunda Xorvatiya NATO-nun dəstəyi ilə Yuqoslaviya ordusun öz ərazisindən çıxara bildi. Noyabr ayında Cenevrədə keçirilən sülh danışıqları nəticəsində Yuqoslaviya ordusu Srpska Kraynaya hərbi dəstəyi dayandırdı və xorvatların yeni hücumu onları geri çəkməyə məcbur etdi. 1991-ci ilin qışından 1995-ci ilin qışına kimi Srpska Krayna "mavi dəbilqə"lərin müdafiəsi altına keçdi. Amma BMT Təhlükəsizlik Şurasının sülhməramlılar tərəfindən idarə olunan hissəsindən xorvat ordusunun çəkilməsi tələbatı yerinə yetirilmədi. Xorvatlar əvvəlki kimi tankların və ağır artilleriyanın istifadəsi ilə aktiv hərbi əməliyyatlar aparırdı. 1991-94-cü illərdəki müharibə nəticəsində 30 min insan həlak olmuş, 500 minə qədər insan isə qaçqın düşmüşdü. Bu müharibədə 30 milyard dollara yaxın iqtisadi itgi oldu. 1995-ci ilin yay aylarında xorvat ordusu qərb ölkələrinin dəstəyi ilə Srpska Krayna Xorvatiyanın ərazisinə qaytarılması üçün yaxşı hazırlanmış yaxşı əməliyyat keçirdi. Bu hərbi əməliyyatlar nəticəsində 250 min serb öz evlərindən didərgin düşdü. 1991-95-ci illərdəki Xorvatiya müharibəsində 400 mindən çox serb Xorvatiyanı tərk etdi.

14 oktyabr 1991-ci ildə serb deputatların Xorvatiya müharibəsinə görə Serbiyaya getməsindən istifadə edərək Bosniya və Hersoqovina müstəqillik elan elədi. 9 yanvar 1992-ci ildə Serb Şurası (Skupşina) Bosniya və Hersoqovinanın bu əməlini xainlik kimi qəbul etdi.

Bundan sonra bosniyalılar serblərə qarşı terror aktları törətməyə başladılar. 1992-ci ilin aprelində serblər bosniyalılara cavab olaraq "müsəlman təmizliyi" adı altında əməliyyata başladılar.

Müsəlman ordusuna qarşı Serbiya könüllüləri çıxdı. Yuqoslaviya ordusu Bosniya ordusunu öz kazarmalarında sıxdı. 44 günlük müharibədə 1320 insan həlak olmuş və 350 minə yaxın insan isə qaçqın düşmüşdü.

ABŞ və digər Qərb ölkələr Serbiyanı Bosniya və Hersoqovina müharibəsini qızışdırmaqda qınadı. ATƏT-in ultimatumundan sonra Yuqoslaviya qoşunları ərazidən çıxarıldı. Amma respublikadakı vəziyyət stabilləşə bilmədi. Xorvat ordusunun iştirakı ilə xorvatların və müsəlmanların arasında müharibə başladı. Bosniya və Hersoqovina hakimiyyəti muxtar etnik qruplara bölündü.

18 mart 1994-cü ildə ABŞ-ın dəstəyi ilə Müsəlman-Xorvat Federasiyası yaradıldı və yaxşı silahlanmış birləşmiş ordu NATO-nun BMT-nin razılıq verdiyi serb mövqelərini bombardman edən hava dəstəyi ilə Yuqoslaviyaya hücuma keçdi. Yuqoslaviya hakimiyyəti ilə serb liderlərinin qarşıdurmaları NATO-nu pis vəziyyətdə qoydu. 1995-ci ilin avqust-sentyabr aylarında NATO-nu hava hücumları nəticəsində serb hərbi obyektlərinin, rabitə mərkəzlərinin və hava müdafiə sistemlərinin məhv olması müsəlman-xorvat ordusuna hücum etmək üçün əlverişli şərait yaratdı. Lakin birləşmiş ordunun bu əməli uğursuz oldu. Serb könüllüləri onları darmadağın etdi və 12 oktyabrda atəşkəs elan olundu. BMT-nin Təhlükəsizlik Şurasının 15 dekabr 1995-ci ildə qəbul olnmuş qətnaməsində NATO-ya Bosniyada müharibənin dayandırılması üçün sülhməramlı qoşun yaradılması əmrini verdi. Və bu NATO-nun ilk öz sərhəddindən kənar quru əməliyyatı oldu. Sülhməramlı qoşunların tərkibində 57300 piyada, 475 tank, 1654 zirehli maşın, 1367 xüsusi silahlar, 200 hərbi helkopter, 139 hərbi təyyarə, 35 hərbi gəmi var idi. Hesab etmək olar ki, 2000-ci ilin əvvəllərinə kimi bu "sülhməramlı əməliyyatlar" öz istədiyinə nail oldu. Atəşkəs elan olundu.

Bosniya və Hersoqovinadakı müharibə 200 mindən çox insanın ölümünə səbəb oldu və bunların 180 mini dinc sakinlər idi. Tək Almaniya 320 min qaçqını (əsasən müsəlmanları) qəbul etdi.